A pesar de haber sacado mi primer, y espero, mi último 0 en telemática, "he aprendido otra cosa", resulta que PacketTracer v5.3 tiene un problema de conflictos con las librerías Qt, provocando que el programa se cierre sin guardar el trabajo al darle click en guardar, se soluciona xportando las librerías propias del programa. En ubuntu lo solucioné buscándolas primero
$sudo updatedb
$locate Packet | grep lib
Resultó que tales librería están en
/usr/local/PacketTracer5/lib/
Por lo que edité el archivo /etc/environment
agregando
LD_LIBRARY_PATH="/usr/local/PacketTracer5/lib/"
al final del archivo, reiniciamos y listo!!!